Logotip Nogometnega kluba Nafta 1903 je bil zasnovan leta 2012, ob ustanovitvi kluba.

Logotip ima obliko ščita z modro-belo barvno shemo, ki ponazarja kontinuiteto z zgodovino stare Nafte (ustanovljene 1903), vsebuje pa tudi letnico “1903” kot jasen simbol tradicije.

Pomožni-dekorativni logotip Nogometnega kluba Nafta 1903 temelji na sodobno oblikovanem, stiliziranem ščitu z abstraktnim geometrijskim vzorcem iz kroga in diagonalnih linij, ki simbolizirajo stabilnost, gibanje in napredek in sloni na podobi uradnega logotipa. Dinamično diagonalno postavljeno ime kluba “NK NAFTA 1903” v izrazitih, odebeljenih črkah poudarja športni in energičen značaj, izbrana modra barva pa povezanost kluba z domačo Lendavo. Logotip je namenjen uporabi na vizitkah, oglaševalskih panojih, plakatih, transparentih, majicah, drugih tekstilnih izdelkih, spletnih straneh, družbenih omrežjih, klubskih dokumentih, tiskovinah, vstopnicah in letakih. Oblikoval ga je oblikovalec Tomi Leskovec (2020) iz podjetja DigiFot d.o.o., ki si tudi pridržuje vse pravice uporabe.